L'agence est soumise au contrôleur budgétaire de l'Etat prévu par les décrets n° 53-707 du 9 août 1953 relatif au contrôle de l'Etat sur les entreprises publiques nationales et certains organismes ayant un objet d'ordre économique et social et n° 55-733 du 26 mai 1955 relatif au contrôle économique et financier de l'Etat. Le contrôle de la gestion financière de l'établissement est assuré par un contrôleur budgétaire.
Structure Code de L'environnement